如何使用aspera批量下载ftp某个参考基因组全部的数据
如何使用aspera批量下载ftp某个参考基因组全部的数据
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/188/115/GCF_000188115.5_SL3.1/
使用:Aspera
micromamba create -n aspera
micromamba activate aspera
micromamba install -c hcc aspera-cli -y
下载代码
ascp -vQT -l 500m -k 1 -i ~/micromamba/envs/aspera/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/genomes/all/GCF/000/188/115/GCF_000188115.5_SL3.1/ /data/
-v: 启用详细模式。此参数会打印传输过程的详细信息,有助于调试或监控传输。
-Q: 禁用传输进度报告。默认情况下,ascp 在传输过程中会显示进度信息,但使用此选项可以关闭进度显示。
-T: 禁用传输加密。默认情况下,Aspera 传输是加密的,以保证安全性,但使用此选项可以关闭加密。
-k 1: 在传输过程中如果发生中断,传输将从上次中断的地方继续。也就是说,传输会自动恢复,而不是从头开始。这对于大文件或长时间传输来说非常有用,可以节省时间和带宽
-l: 指定传输速率上限。此参数限制传输速率到指定值,有助于管理带宽使用。
注意:上述代码中的500m 替换成与你本地带宽相符合的数值,如200m,800m等
anonftp是NCBI的Aspera用户名
ascp -vQT -l 500m -k 1 -i ~/micromamba/envs/aspera/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/genomes/all/GCF/000/188/115/GCF_000188115.5_SL3.1/GCF_000188115.5_SL3.1_protein.gpff.gz /data/
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