UKBiobank 基因数据下载指南
1、下载和安装gfetch,需要从UK Biobank的下载页面(Download 600)上下载gfetch工具。
也可以用命令下载:
wget -c biobank.ctsu.ox.ac.uk/ukb/util/gfetch
2、下载完成后,使用命令chmod 755 gfetch来使gfetch成为可执行文件。
chmod 755 gfetch
3、将认证密钥文件(如k56789r23456.key)保存到与gfetch相同的文件夹中,并将其重命名为.ukbkey(这是完整的文件名)。
cp k56789r23456.key .ukbkey
4、使用gfetch下载基因型调用文件:如果想下载特定染色体的基因型调用.bed文件,可以使用以下命令格式(以染色体5为例):gfetch 22418 -c5
gfetch 22418 -c5
5、下载关联的FAM文件:为了下载与.bed文件匹配的.fam文件,可以使用命令:gfetch 22418 -c5 -m
gfetch 22418 -c5 -m
6、如果没有重命名你的密钥文件为.ukbkey,则需要在上述命令中添加-a选项和你的密钥文件名.
gfetch 22418 -c5 -a k56789r23456.key
更多信息:https://biobank.ndph.ox.ac.uk/showcase/label.cgi?tk=ujlGoQ9ritOTTrW72EsauHfdOV2kDxKy409137&id=263
如需提供加速下载服务可以联系杭州木攸目医疗数据有限公司
联系电话:小助理 VX:SCIfafafa1
客服邮箱:mum.healthdata@gmail.com
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